შიდა აუდიტისა და მონიტორინგის დეპარტამენტის კომპეტენციაა:
სამინისტროს სისტემის დაწესებულებებში მონიტორინგისა და აუდიტორული საქმიანობის განხორციელება და აღნიშნულის საფუძველზე შესაბამისი წინადადებებისა და რეკომენდაციების შემუშავება; ფულადი სახსრების მიზნობრივად და სწორად ხარჯვისა და მატერიალურ ფასეულობათა დანიშნულებისამებრ გამოყენების საკითხების შესწავლა; სახელმწიფო შესყიდვების განხორციელების კანონიერების შეს- წავლა-ანალიზი; სამინისტროს ცენტრალური აპარატისა და სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის მოქმედ კანონმდებლობასთან შესაბამისობის უზრუნველყოფა; კორუფციასთან ბრძოლის ღონისძიებათა შემუშავება და განხორციელება.